Hvordan tolke agarosegel

Når du har bekreftet DNA-prøver i en agarosegel og du har tatt et bilde, kan du lagre og deretter analysere og tolke resultatene. Typer ting du leter etter vil avhenge av forsøket. Hvis du gjør DNA fingerprinting, for eksempel, du ønsker å sammenligne størrelsen på bitene av DNA fra to prøver av mistenkte og prøven fås ved åstedet, kanskje. Hvis du arbeider med bakterielle plasmider, derimot, kan det hende du må sørge for at plasmidene inneholder innsatsen. Derfor, hvordan du tolker gelen vil blant annet avhenge av eksperimentet du gjorde. Det er imidlertid noen generelle regler som kan gjelde.

bruksanvisning

  • 1

    Starter fra toppen av bildet, måler avstanden til hvert bånd av "standard" -delen av gel (alias stige). Standarden kjørefelt inneholder DNA-biter hvis størrelse er allerede kjent, slik at du kan allerede vet størrelsen på hver før du starter eksperimentet. også måler avstanden som båndene i hver av prøvene.

  • 2

    Fordel avstanden mellom hver standard og hver prøve bånd gangavstand fra bunnen av gelen. Resultatet kalles relativ mobilitet. Du kan bruke regnearkprogram til å gjøre regnestykket hvis du finner det raskere.

  • 3

    Skriv inn den relative bevegelighet og størrelsen av hver standard i regnearkprogrammet, og deretter bruke et grafisk verktøy for å lage en grafisk fremstilling av denne informasjonen mobilitet i X-aksen og Y-aksen størrelse

  • 4

    Setter en linje i diagrammet ved hjelp av en ikke-lineær regresjon. Se hjelpen delen av programmet nøyaktig beregning hvis du lære hvordan. Du bør ende opp med en ligning, kanskje ligner på følgende:

    y = (0,3) x ^ -2.5

    Merk at x er den relative mobilitet stund, og vil være på størrelse. Også bemerker at ligningen kan ha helt andre tall for eksponenten og koeffisienten; denne ligningen er gitt kun som et hypotetisk eksempel.

  • 5

    Ta den relative mobilitet for band for prøven og plassere det som en x for å beregne størrelsen på bitene av DNA i prøven.

    Anta ligningen avledet fra beregningsprogrammet er y = (0,3) x ^ -2.5, og den relative mobiliteten til en spesiell prøve var 0,68. 0,68 erstatte ligningen, finne følgende:

    y = (0,3) (0,68) + - 2.5

    Ved hjelp av kalkulatoren, stiger 0,68 -2,5 og får følgende:

    y = (0,3) (2,62)

    y = 0,786

    som bør være den beregnede kilobaser av DNA i et av bandene av testen størrelse.

    plasmider

  • 1

    Merknader som kan eller trenger ikke bruke instruksjonene i denne delen. Agarosegelelektroforese blir ofte brukt til å bekrefte at et plasmid som inneholder et gitt innsats. Hvis du ikke jobber med plasmider, kan du hoppe over dette avsnittet. Hvis du gjør, men du kan følge disse instruksjonene.

  • 2

    Merk at hvis du arbeider med et kutt eller bretter plasmid, ikke kan anslå størrelsen ved hjelp av metoden i § 1. Dette er fordi de vandrer på ulike priser fra den lineære DNA.

  • 3

    Sammenligne antall band i hver seksjon. Husk at et restriksjonsenzym kutter DNA ved seter hvor restriksjonssetesekvensen heter forekommer. Dersom en prøve som ble behandlet med to restriksjonsenzymer, bør det være et bånd for innsatsen, og én for det gjenværende plasmid. Dette er fordi innsatsen vil være flankert av to restriksjonsseter, som hver for et annet enzym, så går begge områder frigjøre innsatsen fra plasmidet. Et kutt på ett sted, i motsetning til dette blir et lineært plasmid-DNA. En prøve kutt uten restriksjonsenzym eller et restriksjonsenzym, så bør vise et enkelt bånd, mens en prøve kuttet med to restriksjonsenzymer skal ha to band.

  • 4

    Leter du etter band skapt av rappet DNA. Nicked Plasmidet kuttes i en gren, så vandrer langsommere enn å kutte et plasmid. Utskårede plasmider migrere saktere enn en ukuttet DNA.

  • 5

    Sett størrelse beregnes ved hjelp av prosedyren som er beskrevet i punkt 1 og avgjør om det oppfyller dine forventninger (som varierer avhengig av eksperimentet).

Forrige artikkel Smoothies med Thermomix
Neste artikkel Smoothies med Thermomix